Auch Container können im Überseehafen Rostock an mehreren Terminals umgeschlagen werden. Am General Cargo Terminal des Umschlagsunternehmens Euroports Germany werden Container mit Hilfe der Hafenmobilkrane verladen. Zusätzlich können die Einheiten über das engmaschige Intermodal-Netzwerk mit mehr als 40 wöchentlichen Zugverbindungen sowie den dicht getakteten Fähr- und RoRo-Verbindungen nach Dänemark, Schweden und Finnland mit bis zu 20 Abfahrten pro Tag transportiert werden.

Der Überseehafen Rostock fungiert damit nicht nur als Umschlagspunkt, sondern auch als Sammel- und Verteilzentrum. Dazu werden am Standort Dienstleistungen zum Packen und Umladen von Containern und zur Zollabfertigung angeboten. Zusätzlich betreiben Partner direkt im Hafen ein Container-Depot, um flexibel auf die Nachfrage reagieren zu können. Damit fungiert der Überseehafen Rostock als idealer Verkehrsknoten zum Sammeln und Verteilen von Containern nach Nord- und Kontinentaleuropa.